Kasus Mpox di India Diidentifikasi sebagai Infeksi Paling Awal yang Diketahui dengan Strain Rekombinan Ib dan IIb

Infeksi pada September mengungkap kesenjangan pengawasan yang lebih luas

Seorang pria yang mengalami gejala mpox pada 1 September 2025 saat bekerja di Semenanjung Arab telah diidentifikasi sebagai kasus paling awal yang diketahui dari virus rekombinan yang mengandung materi genetik dari dua garis keturunan mpox, klad Ib dan IIb. Infeksinya dikonfirmasi di India pada 11 September, tetapi susunan genetiknya yang tidak biasa baru diketahui setelah virus terkait teridentifikasi di Inggris dan ditambahkan ke basis data global.

Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) menyatakan virus dari India dan Inggris memiliki kemiripan genetik lebih dari 99,9%. Kedua pasien pulih tanpa mengalami kondisi parah, dan pelacakan kontak tidak menemukan kasus sekunder di kedua negara pelapor. Namun, riwayat perjalanan mereka menunjukkan bahwa strain tersebut beredar lebih luas daripada yang tercermin dari dua temuan itu.

Dalam pemberitahuan wabah mpox, WHO menilai penularan strain rekombinan itu telah melibatkan sedikitnya empat negara di tiga kawasan WHO. Kedua pasien terkonfirmasi bepergian dari kawasan Asia yang berbeda, sehingga infeksi mereka yang berkaitan erat menjadi sinyal penting bagi pengawasan internasional.

Investigasi di India, yang dilakukan para peneliti di Institut Virologi Nasional, Dewan Riset Medis India, di Pune bersama mitra klinis di Kerala dan Puducherry, diterbitkan dalam Nature Microbiology. Para peneliti memperoleh hampir seluruh genom virus dan berhasil menumbuhkan virus hidup dari sampel pasien.

Tantangan langsungnya bersifat praktis: tes rutin mendeteksi mpox, tetapi tes yang ditujukan untuk mengidentifikasi kelompok genetiknya memberikan klasifikasi awal yang berbeda di India dan Inggris. Hubungan antara keduanya terungkap setelah genom virus dibaca.

Bagaimana kasus di India diklasifikasi ulang

Pasien di India adalah pekerja di luar negeri yang tinggal di sebuah negara di Semenanjung Arab. Ia jatuh sakit di sana sebelum kembali ke India, tempat tes PCR mengonfirmasi infeksi virus cacar monyet. PCR mendeteksi bagian-bagian tertentu dari DNA virus dan merupakan metode laboratorium utama untuk mendiagnosis mpox.

Tes lanjutan pada 15 September awalnya mengklasifikasikan virusnya sebagai klad II. Analisis awal terhadap urutan genetiknya juga mengindikasikan klad IIb, garis keturunan yang menyebabkan wabah global yang dimulai pada 2022.

Titik balik terjadi pada 16 Desember 2025, ketika basis data global Nextclade diperbarui dengan memasukkan virus rekombinan yang teridentifikasi di Inggris. Penilaian ulang menempatkan virus dari India dalam strain rekombinan yang sama. India memberi tahu WHO pada 13 Januari 2026.

Urutan kejadian ini menjelaskan mengapa Inggris lebih dulu melaporkan strain tersebut, sementara infeksi yang diketahui lebih awal terjadi di India:

• 1 September 2025: Pasien di India mengalami gejala saat berada di luar negeri.
• 11 September: Tes PCR di India mengonfirmasi mpox.
• 15 September: Tes diferensiasi klad awalnya mengidentifikasi klad II.
• 29 September: Hasil tes pasien negatif setelah ia pulih tanpa komplikasi medis.
• Oktober: Pasien di Inggris kembali dari sebuah negara di kawasan Asia Pasifik.
• Desember: Inggris melaporkan virus rekombinan tersebut, yang dimasukkan ke Nextclade pada 16 Desember.
• 13 Januari 2026: India memberi tahu WHO tentang kasus rekombinan yang diidentifikasi secara retrospektif.

WHO menyatakan gejala pada kasus di India muncul lebih dari dua bulan sebelum gejala pada kasus di Inggris. Identifikasi virus itu bergantung pada pengaitan data genetik lintas negara, bukan hanya pada gejala salah satu pasien.

Virus rekombinan

Virus cacar monyet, disingkat MPXV, memiliki dua kelompok genetik utama, klad I dan klad II. Keduanya terbagi menjadi Ia, Ib, IIa, dan IIb. Klad Ib muncul di Kivu Selatan, Republik Demokratik Kongo, pada 2023 dan kemudian menyebar secara internasional. Klad IIb memicu wabah global yang dimulai pada 2022.

Rekombinasi dapat terjadi ketika dua virus terkait menginfeksi sel yang sama dan bertukar materi genetik saat menggandakan diri. Virus yang dihasilkan dapat mengandung rangkaian DNA warisan dari masing-masing virus induk, seperti dokumen yang disusun dari bagian-bagian dua versi sebelumnya.

Poxvirus memiliki genom besar berupa DNA untai ganda, dan pertukaran genetik merupakan bagian yang telah dikenal dalam biologinya. Dalam kasus ini, para peneliti menemukan blok-blok yang berkaitan dengan klad Ib berselang-seling dengan blok-blok yang berkaitan dengan klad IIb.

Analisis di India mengidentifikasi mutasi khas dari kedua garis keturunan induk yang tersusun dalam satu genom. Para peneliti juga membandingkan bagian-bagian tertentu dengan urutan referensi. Bagian yang berbeda mengelompok dengan klad induk yang berbeda, sehingga mendukung temuan bahwa genom tersebut merupakan mosaik.

Temuan perbandingan genetik

India berhasil memperoleh lebih dari 99% genom dari sampel klinis maupun isolat virus yang ditumbuhkan dari sampel tersebut. WHO melaporkan kemiripan lebih dari 99,9% antara urutan virus rekombinan dari India dan Inggris, yang mendukung adanya sejarah evolusi bersama.

Studi di India menjabarkan 34 segmen rekombinan, yakni rangkaian berkelanjutan yang diwarisi dari salah satu garis keturunan induk, serta 21 mutasi yang berkaitan dengan garis keturunan rekombinan tersebut. Studi itu menyebut virus Inggris juga memiliki 34 segmen; perbandingan WHO menghitung 34 segmen dalam urutan dari India dan 28 dalam urutan dari Inggris, dengan 16 segmen yang sama.

Para peneliti menggunakan beberapa metode untuk memeriksa hubungan tersebut. Perbandingan genom utuh menempatkan kedua virus rekombinan secara berkelompok di antara kelompok induknya. Jaringan genetik menghasilkan pola berbentuk kotak, cara untuk menampilkan hubungan yang melibatkan DNA hasil pertukaran dan tidak cocok dengan pohon keluarga bercabang tunggal.

Dengan demikian, hubungan terkuat terdapat di antara kedua virus itu sendiri. Kemiripan yang tinggi dan struktur mosaik yang sama mendukung kesimpulan bahwa garis keturunan rekombinan terkait telah beredar sebelum dikenali di kedua negara.

Pentingnya menumbuhkan virus hidup

Tim di Pune tidak hanya membaca DNA. Para peneliti memasukkan bahan klinis ke dalam sel Vero CCL-81, yang lazim digunakan di laboratorium virologi, dan mengamati kerusakan akibat replikasi virus pada hari ketiga pasase laboratorium kedua. Mereka mengulangi percobaan itu tiga kali dengan hasil yang konsisten.

Keberhasilan memperoleh virus hidup memperkuat temuan bahwa urutan mosaik tersebut berasal dari virus yang mampu bereplikasi. Tim itu menyimpan urutan dari sampel klinis dan isolatnya di basis data genetik publik, termasuk Pathoplexus dan basis data yang berpartisipasi dalam Kolaborasi Basis Data Urutan Nukleotida Internasional.

Peneliti Inggris juga berulang kali memverifikasi temuan mereka. Mereka mengurutkan materi dari sampel asli, ekstraksi baru dari sampel tersebut, usapan lain yang diambil pada waktu yang sama, dan isolat yang dikultur. Prosedur-prosedur itu menghasilkan urutan genom virus yang identik.

Isolat hidup menyediakan bahan bagi laboratorium untuk tahap penelitian berikutnya: mengukur kecepatan pertumbuhan virus, responsnya terhadap obat antivirus, dan cara antibodi mengenalinya. Otoritas Inggris masih melanjutkan studi tentang sifat biologis virus rekombinan tersebut.

Penyebab tes rutin memberikan klasifikasi berbeda

Virus di India awalnya diklasifikasikan sebagai klad II, sedangkan virus di Inggris awalnya diklasifikasikan sebagai klad Ib. Keduanya kemudian diidentifikasi sebagai virus rekombinan yang berkaitan erat melalui pengurutan genom.

Tes PCR diagnostik mencari rangkaian pendek materi genetik tertentu. Tes diferensiasi klad memeriksa penanda yang digunakan untuk membedakan kelompok virus. Jika virus rekombinan membawa penanda dari klad Ib di satu bagian genom dan materi klad IIb di bagian lain, label hasil tes dapat bergantung pada bagian mana yang diperiksa oleh tes tersebut.

Bagi laboratorium, hal ini membedakan diagnosis penyakit dari penggambaran virus secara akurat. Mpox terkonfirmasi pada kedua pasien, sementara klasifikasi genetik yang lebih lengkap memerlukan analisis tambahan.

WHO menyatakan PCR diferensiasi klad saja mungkin tidak dapat mengidentifikasi strain rekombinan secara andal. India menggunakan tes umum orthopoxvirus dan MPXV, dilanjutkan dengan diferensiasi klad, serta mengurutkan kasus positif. Inggris mengurutkan semua sampel yang teridentifikasi sebagai klad Ib dan sampel terpilih yang teridentifikasi sebagai klad IIb.

Para peneliti India menguraikan alur kerja untuk menyelidiki dugaan virus rekombinan. Hasil klad yang tidak terduga atau saling bertentangan menjadi alasan untuk memeriksa keseluruhan genom. Pengalaman mereka juga menunjukkan manfaat meninjau kembali urutan lama ketika strain yang baru dikenali dimasukkan ke basis data bersama.

Dua pasien pulih, sinyal geografis lebih luas

Pasien di India dirawat di rumah sakit, pulih tanpa komplikasi, dan hasil tesnya negatif pada 29 September. Ia melaporkan tidak memiliki kontak dekat di India, dan otoritas kesehatan tidak menemukan infeksi sekunder.

Pasien di Inggris juga tidak mengalami kondisi parah. Sejumlah kecil kontak dipantau dan tidak ada yang mengalami gejala klinis mpox. Petugas kesehatan yang merawat pasien mengenakan alat pelindung diri lengkap; para kontak mendapat saran, ditawari vaksinasi, dan dipantau untuk gejalanya.

Perkiraan WHO bahwa kasus ini melibatkan sedikitnya empat negara menggabungkan negara tempat kedua kasus terdeteksi dengan riwayat perjalanan pasien. Tempat asal strain tersebut, jalur yang menghubungkan kedua infeksi, serta dampak biologisnya terhadap penularan atau tingkat keparahan penyakit masih belum diketahui.

Kedua pasien mengalami gejala yang sesuai dengan mpox akibat klad lain. WHO tidak mengubah penilaian risiko kesehatan masyarakatnya: sedang bagi laki-laki yang berhubungan seks dengan laki-laki yang memiliki pasangan baru atau lebih dari satu, serta pekerja seks atau orang lain dengan banyak pasangan seksual kasual; rendah bagi masyarakat umum tanpa faktor risiko khusus.

Maknanya bagi orang yang berisiko

Mpox terutama menyebar melalui kontak fisik erat, termasuk kontak seksual, dan juga dapat menyebar melalui benda atau bahan yang terkontaminasi. Gejalanya dapat mencakup demam, pembengkakan kelenjar getah bening, serta lesi pada kulit atau selaput lendir. Sebagian orang hanya mengalami sedikit lesi sehingga deteksi dini menjadi lebih sulit.

Katy Sinka, kepala infeksi menular seksual di UKHSA, menyoroti pengujian genom sebagai cara untuk mendeteksi perubahan virus sejak dini. Ia juga mendorong orang yang memenuhi syarat untuk mendapatkan vaksinasi, seraya mengingatkan bahwa mpox terkadang dapat menyebabkan penyakit parah.

Program vaksinasi rutin Inggris menyasar kelompok yang memenuhi syarat dan lebih berisiko terpapar, termasuk orang dengan banyak pasangan seksual dan orang yang mengikuti aktivitas seks berkelompok. Studi yang dikutip dalam panduan vaksinasi memperkirakan perlindungan terhadap klad II sekitar 75% hingga 80%, dan vaksin juga diperkirakan memberi perlindungan terhadap klad Ib. Penelitian tentang respons virus rekombinan terhadap kekebalan termasuk dalam pekerjaan laboratorium yang masih diperlukan.

Sejak Oktober 2024, infeksi klad Ib telah teridentifikasi di London, East Sussex, Leeds, dan Inggris Timur Laut, dengan penularan terbatas di antara anggota rumah tangga pada beberapa klaster. Negara lain yang melaporkan klad Ib meliputi Amerika Serikat, Spanyol, Italia, Belanda, dan Portugal. Temuan-temuan tersebut menjadi konteks pengawasan yang lebih luas, bersama dua kasus rekombinan yang telah dikenali.

WHO terus merekomendasikan vaksinasi bagi orang yang berisiko, diagnosis segera, perawatan klinis yang sesuai, dan pengendalian infeksi. WHO juga merekomendasikan agar layanan mpox dipadukan dengan layanan HIV dan infeksi menular seksual, termasuk tes HIV dini dan akses terhadap pengobatan bila diperlukan.

Langkah selanjutnya yang diminta WHO dari laboratorium

WHO merekomendasikan pengurutan sampel dari setiap kasus terkonfirmasi pada tahap awal wabah. Jika penularan di masyarakat telah terjadi, WHO merekomendasikan pengurutan sampel representatif dari sedikitnya 10% kasus terkonfirmasi, setara dengan sedikitnya satu dari setiap sepuluh kasus.

Infeksi impor, kasus yang tidak biasa atau parah, serta kasus dengan riwayat perjalanan yang relevan menjadi prioritas untuk penyelidikan genetik lebih lanjut. Pembagian urutan secara cepat memungkinkan laboratorium di tempat lain membandingkan temuan baru dan menilai ulang klasifikasi sebelumnya, seperti yang terjadi pada sampel dari India.

WHO menyampaikan saran perjalanan secara langsung:

Berdasarkan informasi yang tersedia mengenai peristiwa yang dilaporkan di sini, WHO merekomendasikan agar tidak diberlakukan pembatasan perjalanan ke atau perdagangan dengan negara-negara yang disebutkan dalam laporan ini.

Direktur Jenderal WHO Tedros Adhanom Ghebreyesus mengumumkan pada 5 September 2025 bahwa mpox tidak lagi berstatus kedaruratan kesehatan masyarakat yang menjadi perhatian internasional. Tugas pengawasan dan respons tetap berlanjut berdasarkan rekomendasi tetap yang diperpanjang hingga Agustus 2026.

Pengalaman India menunjukkan tujuan konkret dari tugas-tugas tersebut. Perawatan klinis membantu pasien melewati masa sakitnya, tes rutin mengidentifikasi mpox, pengurutan menangkap genom yang tidak biasa, dan pembaruan basis data internasional menyediakan kaitan yang diperlukan untuk mengidentifikasinya secara tepat.

Poin Utama

• Pasien di India mengalami gejala pada 1 September 2025, sehingga infeksinya menjadi deteksi paling awal yang diketahui dari strain rekombinan Ib/IIb.
• Urutan virus dari India dan Inggris memiliki kemiripan lebih dari 99,9%, yang mendukung adanya sejarah evolusi bersama.
• Kedua pasien pulih tanpa mengalami kondisi parah, dan pelacakan kontak tidak menemukan kasus sekunder.
• Tes klad awal memberikan klasifikasi berbeda; pengurutan genom mengungkap hubungan rekombinan tersebut.
• WHO menilai penularan strain ini melibatkan sedikitnya empat negara di tiga kawasan.
• Penilaian risiko WHO tidak berubah, dan WHO merekomendasikan pengurutan lanjutan, vaksinasi bagi orang yang berisiko, serta tidak memberlakukan pembatasan perjalanan atau perdagangan.